Nel 1846 Giovanni Peroni si trasferisce a Vigevano dove cominciò a lavorare come bottigliere e ben presto aprì una piccola attività di produzione di birra; la birra prodotta veniva venduta in un locale che Peroni aprì accanto alla fabbrica, locale che ebbe un permesso speciale per la possibilità di rimanere aperto fino alle 23.30. Nonostante l'azienda riuscisse ad andare avanti, Peroni intuì che la sua attività avrebbe riscosso un maggior successo al sud, dove il consumo di birra era già più diffuso: fu così che nel 1864 aprì una filiale a Roma, città non facente ancora parte del Regno d'Italia.
Nel 1872, grazie al successo riscosso, la sede centrale dell'azienda fu trasferita nella capitale e il locale di vendita entro le mura vaticane; nel 1886 viene presentata all'Esposizione nazionale dei prodotti alimentari, dove guadagna il titolo di onorevole e di fornitore ufficiale di casa Savoia. Negli anni a venire l'azienda cresce fino a diventare, a cavallo tra i due secoli, una delle maggiori industrie italiane.
Durante il primo decennio del secolo la Peroni comincia a pubblicizzare il suo prodotto e a tecnologizzare la fabbrica, ma il periodo delle due guerre mondiali trascina il birrificio in una grave crisi, dovuta alla scarsità di materie prime e di consumatori. Ma la crisi fu superata nell'epoca del boom economico, epoca in cui anche l'azienda si rinvigorisce e comincia l'espansione nella penisola, tramite l'acquisizione di marchi (Birra d'Abruzzo, Birra Livorno, Birra Raffo, Birra Dormish,...) ed una buona campagna pubblicitaria.
Gli anni settanta e ottanta sono un periodo di internalizzazione e rinnovamento, tramite accordi internazionali che allargano il mercato Peroni e innovazioni aziendali dovute alla diffusione delle grandi multinazionali e l'importazione di birre estere. Gli anni novanta sono per l'azienda un periodo di stabilizazione e affermazione del mercato.
Nel 2003 Isabella Peroni, figlia di Giacomo e ultima proprietaria della azienda vende la maggioranza delle azioni all'azienda sudafricana SABMiller, leader mondiale nel settore birra a livello di volumi[senza fonte].
Attualmente i 3 stabilimenti di produzione sono dislocati a Roma, Bari e Padova ed hanno circa 900 dipendenti e una produzione di 4,7 milioni di ettolitri. Il fatturato del 2005 è stato di 399 milioni di euro.