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Il particolare sapore della bottarga è il frutto di una speciale lavorazione: il pesce appena pescato viene infatti privato della sacca contenente le uova, la quale verrà poi salata, sottoposta a pressatura e, successivamente, stagionata. Una simile lavorazione necessita di un involucro sufficentemente resistente da resistere alla sfregamento del sale ed all'operazione di pressatura; per questo motivo, sebbene sarebbe possibile utilizzare sacche di uova anche di altri pesci, viene scelto proprio il muggine.
Come per la sua vicina parente, la bottarga di muggine costituiva un piatto semplice e sicuro per i pescatori che, un tempo, erano costretti a passare molto tempo al largo. La salatura, permette una lunga conservazione,